ОГН, особенно в стрептококковом варианте, является ярким примером иммунокомплексной патологии. В ответ на появление продуктов деструкции базальной мембраны клубочков стрептококки образуют антитела. В случаях воздействия разрешающего фактора (переохлаждение, новое обострение инфекции) разворачивается активный процесс соединения антигенов и антител с участием комплемента (иммунная реакция III типа). Вследствие этого образуются иммунные комплексы, которые фиксируются на базальной мембране клубочков. Ее поражение становится пусковым механизмом развития всех последующих патофизиологических процессов.
Морфологические изменения при ОГН отражают эндокапилярный пролиферативный процесс, протекающий во всех клубочках почек.